O SINAES avalia três elementos da Educação Superior: o desempenho de alunos universitários (medido pelo ENADE), os cursos e as instituições. A cada quesito, e ao conjunto deles, é atribuído um conceito de 1 a 5, sendo 5 o máximo.

Os resultados levam em conta instrumentos de informação (dados do Censo da Educação Superior e do Cadastro de Cursos e Instituições) e de avaliação, realizada por uma comissão criada nas IES (Instituições de Ensino Superior). A análise inclui a qualidade do corpo docente e técnico-admistrativo, as condições de infra-estrutura e a organização didático-pedagógica das faculdades.

O SINAES é utilizado como base para o credenciamento e a renovação de credenciamento das IES e para autorização, reconhecimento e renovação de reconhecimento de cursos novos. As instituições que apresentam resultados considerados insatisfatórios firmam com o MEC compromissos e prazos para superar as deficiências.